Первые аптеки появились в Европе в Средние века в монастырях. Монахи готовили лекарственные средства и бесплатно раздавали их нуждающимся. Лекарства и лекарственное сырье хранили в различных металлических и деревянных коробках, ларцах, сундуках. Водные настои, уксус и вино хранили в каменных жбанах и бочках. В последствии стали изготавливать и керамическую аптечную посуду — цилиндрические ёмкости с плотными крышками. На них писали названия трав или лекарств, рисовали алхимические знаки.
В средневековых аптеках были также графины («караффы»), сначала керамические, позже — фарфоровые и стеклянные. В них хранились лечебные настои и вина. Баночки для лекарств называли «альбарелло» (ит.) — от названия серебристого тополя, цвет и рисунок коры которого перенесли на керамику. Для особо ценных лекарств использовали серебряную посуду.
Посуда использовалась не только для нужд самой аптеки, но и как тара при продаже лекарств. Она была весьма ценной, поэтому предоставлялась только под залог и возвращалась в аптеку. С развитием стеклодувного дела на полках аптек стала появляться стеклянная посуда. В XVI–XVIII вв. получили распространение дорожные аптечки, а также передвижные. Продавались специально изготовленные аптечные домашние шкафы, табакерки для хранения пилюль. Многие из них являются произведением ювелирного искусства.
С XVI века аптеки становятся центрами научных исследований. Фармацевты выделяли и изучали новые вещества, лекарственное сырьё, с аптеками сотрудничали химики и врачи, проводя в них различные лабораторные занятия. Благодаря развитию естественных наук — химии, физики, медицины — в России аптечное дело находилось на таком же уровне, как в Европе.
Первые сведения о первой на Руси аптеке относятся к 1581 году, когда в правление Ивана Грозного для царя и членов царской семьи на территории Московского Кремля была устроена Государева аптека. Деятельность аптеки постепенно расширялась, лекарственные средства стали отпускать не только царской семье, но и приближенным боярам, часть лекарств «безденежно», часть — по особым ценам.
Для снабжения аптек лекарствами создавались аптекарские сады и огороды. В самой аптеке перерабатывали сырье и приготавливали лекарства. Этим занимался большой штат аптекарей, «алхимистов», «дистилляторов» и аптекарских учеников. В этот период фармацевтика переплеталась с ремесленничеством, прежде всего красильным делом, иконописным мастерством, строительством и т. п. Множество известных фармацевтических технологий, прежде всего по изготовлению различных лекарственных форм (сахаров, сиропов, водок, пилюль, масел, спиртов, мазей), было схоже с рецептами приготовления красок, грунтовки, чернил, лаков, клеев, вяжущих материалов для строительных работ. Возможно, поэтому множество фармацевтических компаний выросли из химических и красильных заводов.