В ноябре 1999 года коллектив краеведческого музея награжден грамотой Министерства культуры Свердловской области «За большой вклад в сохранение и пропаганду культурного наследия края».
С января 2000 года музей получает статус Музейно-выставочного комплекса.
5 апреля 2000 году Указом Губернатора Свердловской области Музейно-выставочный комплекс города Лесной награжден Почетной Грамотой Губернатора «За большой вклад в реализацию областной программы “Возрождение Верхотурья”».
В 2002 году за добросовестный и безупречный труд в развитии муниципального образования «Город Лесной» заслуги коллектива отмечены Почетной грамотой МО «Город Лесной».
В 2003 году по итогам научно-практической конференции материал программы «От краеведения к краелюбию» опубликован в сборнике «Культурно-образовательные программы музеев Свердловской области».
9 июня 2003 года по рекомендации Министерства культуры Свердловской области Постановлением Главы Муниципального Образования «Город Лесной» за № 957 Музейно-выставочному комплексу присвоен статус научно-методического центра для музеев МО «Город Лесной».
12 мая 2004 года Приказом № 182-к Министерство культуры Свердловской области утвердило решение комиссии по присуждению областной премии им. Онисима Клера по 2-ой номинации: «За лучший оригинальный музейно-просветительный проект».
18 мая 2004 года директору МВК А. М. Малютину, зав. экскурсионно-массовым отделом Н. С. Родионовой и экскурсоводу В. М. Новиковой были вручены Почетные дипломы и нагрудные знаки «За разработку и реализацию музейно-образовательной программы «От краеведения к краелюбию».
Палатой Представителей Законодательного Собрания Свердловской области творческий коллектив Музейно-выставочного комплекса награжден дипломом лауреата областного конкурса «Камертон» в номинации «Экспозиционно-выставочная деятельность» за создание выставки, посвященной 60-летию Победы, которая воспитывает у молодежи чувства патриотизма и гордости за свою Родину.
За активную подготовку и проведение праздничных мероприятий для всех слоев населения города, посвященных 60-летию Великой Победы советского народа над фашистской Германией, коллектив Музейно-выставочного комплекса отмечен благодарственным письмом Главы Муниципального образования «Город Лесной».
В связи с успешной работой по программе «Мироведение», в конце 2005 года настоятель Свято-Николаевского храма иерей о. Александр, по поручению архиепископа Викентия, вручил коллективу музея благословенную грамоту «За усердные труды во славу Святой Православной Церкви».
19 мая 2006 года коллектив Музейно-выставочного комплекса, участвуя в Первом ежегодном открытом конкурсе музеев Большого Урала и Западной Сибири «Музей года. Евразия – 2006», получил Диплом номинанта в номинации «Люби свой край».
18 мая 2007 года коллектив Музейно-выставочного комплекса, участвуя во II Ежегодном открытом конкурсе музеев Большого Урала и Западной Сибири «Музей года. Евразия – 2007», награжден Золотой медалью и сертификатом номинанта «Acta non verba» («Не словом, а делом») среди муниципальных городских музеев.
В 2011 и 2012 году музей стал победителем Международного грантового конкурса «Православная инициатива».
В мае 2016 года музей занял II место в IV Всероссийском конкурсе проектов региональной и муниципальной информатизации, проходящий в рамках форума «ПРОФ-IT 2016» г. Уфа с проектом «Виртуальный музей г. Лесной».
Этот проект был также отмечен специальным призом — дипломом Союза музеев России в Интернет-фестивале музейного мультимедиа «Музейный Гик».
В 2016 году музей стал победителем в конкурсе «Лучшая Ночь музеев в Свердловской области-2016» в номинации «Самая вместительная ночь», объявленном Министерством культуры Свердловской области.
В ноябре 2016 года музей стал лауреатом VI Всероссийского конкурса «Позитивный контент», проходившего в Москве в рамках Премии Рунета, в номинации «Лучший сайт учреждения культуры и образования». На конкурсе был представлен наш виртуальный музей. Среди 485 заявок в этой номинации наш сайт был признан лучшим.
Культурно-просветительский проект «Виртуальный музей» Музейно-выставочного комплекса Лесного признан лучшим в сфере музейной деятельности по итогам 2016 года и удостоен премии Губернатора Свердловской области им. Онисима Клера.
В январе 2018 года музей вновь стал обладателем городской премии «Успех года-2017» в номинации «Социальное партнерство».
Декабрь 2018 г — Виртуальная карта города (городлесной.рф) — лауреат Всероссийской интернет премии «Прометей» (г. Москва) в номинации «Культура и искусство».
Январь 2019 — музейно-выставочный комплекс лауреат городской премии «Успех года» в номинации «Культура».
Май 2021 — Победитель конкурса «Лучшая Ночь музеев в Свердловской области» (номинация — «Самая детская ночь»)
Победа в конкурсе «Лучшая «Ночь музеев в Свердловской области – 2022» в номинации Самая «детская» Ночь музеев.
В 2023 году музей стал обладателем Премии Губернатора Свердловской области в музейной сфере (премия им. О.Е. Клера) в номинации «За лучшую музейную экспозицию (выставочный проект)» с выставочным проектом к 75-летию г. Лесной «Сергей Федоровский. Песня о городе».
Победа в конкурсе Лучших муниципальных практик. Проект «19:45 — время знать и помнить» стал лучшим в патриотическом направлении конкурса.
Специальный диплом «Зрительские симпатии» Всероссийского конкурса «Лучшая музейная афиша»